Tris-buffer er en vanlig pH-buffer som er mye brukt i biokjemieksperimenter. I PCR-reaksjoner hemmer Tris-buffer DNase-aktivitet i tillegg til å opprettholde pH-stabilitet. Virkningsmekanismen manifesteres hovedsakelig i følgende aspekter:
1. Endre den aktive konformasjonen til DNase: Kationen i Tris-buffer kan binde seg til det aktive stedet til DNase, endre konformasjonen, og dermed redusere aktiviteten. Denne virkemåten hemmer aktiviteten til nukleaser som finnes i miljøet, og beskytter DNA-malen mot nedbrytning.
2. Konkurrerende hemming: Kationene i Tris kan konkurrerende binde seg til DNA-malen med det aktive senteret av DNase, og derved forhindre binding av DNase til malen og redusere nedbrytningsaktiviteten. Denne konkurrerende inhiberingen kan redusere DNase-aktivitet forårsaket av urenheter i reaksjonssystemet.
3. Øk reaksjonstemperaturen: Tris-buffer har god stabilitet ved høye temperaturer, slik at den kan øke temperaturen på PCR-reaksjonen. Høy temperatur kan ytterligere hemme aktiviteten til DNase og forbedre amplifikasjonseffektiviteten til DNA-polymerase. Ved å kombinere høye temperaturer med Tris-buffer kan effekten av DNase elimineres og et renere PCR-produkt kan oppnås.
