1. Cellelyse og proteindenaturering
I det innledende stadiet av plasmid-DNA-ekstraksjon, må celler lyseres for å frigjøre DNAet inne. Denne prosessen oppnås vanligvis ved å bruke høye konsentrasjoner av salter, vaskemidler eller enzymer. I denne prosessen er hovedrollen til Tris å holde pH i løsningen stabil, og dermed beskytte DNA fra det sure miljøet som genereres under lyseringsprosessen. I tillegg kan Tris også bidra til å isolere DNA fra lysater ved å binde seg til og denaturere proteiner.
2. DNA-solubilisering og stabilisering
Etter cellelyse må plasmid-DNA lyseres og isoleres fra andre cellulære komponenter. Denne prosessen oppnås vanligvis ved å bruke en høy konsentrasjon av salt eller vaskemiddel. I denne prosessen er hovedrollen til Tris å gi en passende ionestyrke og pH-miljø for å fremme solubilisering og stabilisering av DNA. Hydroksyl- og aminogruppene til Tris kan danne hydrogen- og ionbindinger med DNA-molekyler, som stabiliserer strukturen og forhindrer nedbrytning. I tillegg kan Tris ytterligere beskytte DNA mot nedbrytning ved å hemme aktiviteten til nukleaser.
3. DNA-rensing og gjenvinning
Etter at plasmid-DNA er isolert fra lysatet, kreves det ofte en rekke rensetrinn for å fjerne gjenværende proteiner, RNA og andre urenheter. Disse trinnene inkluderer fenol/kloroform-ekstraksjon, etanolutfelling, etc. I denne prosessen er hovedrollen til Tris å holde pH i løsningen stabil, og dermed beskytte DNA fra det sure eller alkaliske miljøet som kan oppstå under rensing. I tillegg kan Tris også hjelpe til med å gjenvinne rent plasmid-DNA fra løsningen ved å binde seg til urenheter og la dem utfelles.
